Ya han dado excelentes explicaciones pero quiero añadir mi opinión a la pila.
Los fandoms son por naturaleza frutos de la pasión. Un grupo de personas apasionadas hacia X tema se encuentran y enciende mutuamente aún mas la pasión que sienten por ello. Por ello, es inevitable no solamente que haya problemas, pleitos y drama en mayor o menor medida, sino que se atraiga a personas con tendencias obsesivas que típicamente no suelen estar muy versadas en habilidades sociales, y la combinación de ambas cosas siempre trae inconvenientes tarde o temprano. Por ello se ven tanto el drama absurdo como los comportamientos demigrantes, que la mayoría del fandom no comparte pero que son los que más se notan para los que lo miran desde afuera. Esto unido a la sempiterna Rule34 trae cosas que dan mala cara a un fandom, y el poder multiplicativo de Internet hace que exploten en mucho menor tiempo y con mayor impacto de lo que nunca han hecho antes.
Todo fandom ha pasado por ello, desde los más antiguos como los de la ciencia ficción hasta los más nuevos. Y no hay más que hacer que esperar a que la gente conozca, a que el tiempo pase y vean que no son todos sino algunos los que causan drama, problemas o cosas raras, y que la mayoría son gente buena con intereses algo inusuales, tal como ha pasado con cosas como el anime, Star Wars, los juegos de rol y muchos otros.
He visto muchos fandoms a través de los años, he visto muchas cosas que en su momento eran automática muerte social para la persona que los practicaba, he visto gente muy inusual haciendo cosas raras, y también he notado como los años cambiaban la opinión inicialmente mala de la gente, cuando veían que el primo, la novia, el compañero de trabajo, etc. eran fans de una cosa determinada y no son una persona de la que les provoque huir despavoridas, y poco a poco cambian ideas.
Opino como los demás, el fandom de MLP es singularmente positivo, la influencia del material fuente realmente se aplica en los fans en sí y se nota, y ya estoy notando el gradual cambio de opiniones general a pesar de que el fandom es tan joven, apenas 5 añitos. En el pasado decir brony era un automático "Kill it with fire!", pero hoy en día no lo es, los hilos en los foros no son una automática condenación sino que en general son "hmmm, no es lo mío, pero está bien" con pocas voces negativas que son apagadas rápidamente por la mayoría que las reconoce como los agitadores que son. Aún se asocia a los bronies con el detestable estereotipo "neckbeard", pero solamente se ve en la clase de personas que usan esa palabra en un primer lugar, trolls y /b/ y eso, que no nos preocupan
No queda otra que tener paciencia, seguir siendo buenas personas parte de un fandom bueno, y poco a poco ir cambiando actitudes, no creo que se llegue al punto de otros fandoms como Doctor Who y eso porque dudo que la serie vaya a durar demasiado (tristemente todo acaba y mejor que la serie termine en un buen punto a que sea Los Simpsons 2.0), pero espero que dentro de no mucho se puedan incluir cómodamente los ponis entre la típica colección de parafernalia friki sin que automáticamente piensen muy mal de nosotros.